Software de facturación para fisioterapeutas autónomos

Si eres fisioterapeuta autónomo en España, la elección de software de facturación tiene matices: IVA generalmente exento (sanitario), gestión de mutuas con procesos específicos, RGPD reforzado para datos de salud, y la llegada de Verifactu en tu fecha. Este artículo te orienta.

Para contexto, ten a mano la pillar paquete básico.

Lo que necesita una clínica de fisio

A diferencia de un comercio:

• Facturación con IVA exento (sanitario) por defecto.
• Cumplimiento Verifactu.
• RGPD reforzado para datos de salud.
• Agenda de citas y recordatorios.
• Sesiones múltiples por paciente con seguimiento.
• Facturación a mutuas y aseguradoras además de a particulares.
• Pagos mixtos: tarjeta, transferencia, Bizum, efectivo (si aplica).

IVA exento sanitario

El artículo 20.Uno.3º LIVA exime los servicios sanitarios prestados por profesional sanitario. Para fisioterapeutas:

• Sesiones de fisioterapia con fin terapéutico: exento.
• Rehabilitación indicada: exento.
• Productos accesorios (cinchas, terabands, electrodos): IVA al 21%.
• Servicios estéticos no sanitarios (masajes puramente relajantes sin indicación): puede ser IVA 21%.

Tu software debe permitir distinguir las líneas: una factura puede mezclar sesión exenta + producto al 21%.

Verifactu

Como cualquier otro emisor:

• Si trabajas como autónomo en estimación directa: obligado desde enero 2027.
• Si tu clínica es SL: obligada desde enero 2026 (ya en vigor).

Las facturas exentas también se registran en el libro de Verifactu (con su hash, QR, envío AEAT).

Detalle en fechas de entrada en vigor de Verifactu.

Facturación a mutuas: peculiaridades

Las mutuas y aseguradoras tienen procesos específicos:

• Códigos de paciente asignados por la mutua, no por ti.
• Formato de facturación específico: a veces requieren plantilla concreta o XML específico.
• Plazos de pago: típicamente 60-120 días.
• Volumen de impagados: ocasionales, hay que perseguir.

Algunos software sectoriales (Yorhealth, FisioApp) tienen integración directa con principales mutuas (Sanitas, Adeslas, DKV, Mapfre). Con software genérico, gestionas las particularidades manualmente.

Opciones del mercado

Software genérico Verifactu

Quipu, FacturaDirecta, Holded, Anfix, paquete básico: cubren facturación + IVA exento configurable + Verifactu.

Pros: simple, económico. Contras: sin agenda integrada, sin gestión de mutuas, sin historia clínica.

Coste: 200-700 €/año.

Software sectorial fisioterapia / clínicas pequeñas

Yorhealth, FisioApp, ClínicaCloud, Smileworld (no solo dental, también versiones genéricas): combinan agenda + gestión de pacientes + historia clínica + facturación.

Pros: todo integrado. Contras: precio mayor, curva de aprendizaje.

Coste: 600-2.000 €/año.

Combinación: agenda dedicada + facturación genérica

Usar herramienta de agenda especializada (Doctoralia, Booking, Reservio) + software genérico Verifactu. Sincroniza datos manualmente.

Pros: cada herramienta excelente en lo suyo. Contras: dos herramientas, doble suscripción.

Casos prácticos

Fisio autónomo con consulta única

Volumen: 80-150 sesiones/mes, mayoría particulares.

Recomendación: software genérico (Quipu, FacturaDirecta o paquete básico) + agenda simple (Google Calendar o app dedicada).

Coste: 300-700 €/año.

Clínica de fisio con 2-3 profesionales

Recomendación: software sectorial con agenda compartida y facturación integrada.

Coste: 1.200-2.500 €/año.

Fisio con muchas mutuas

Recomendación: software sectorial con integración directa de mutuas.

Plantilla típica de factura fisioterapeuta

Una factura habitual:

Factura 2026/47
Fecha: 2026-09-10
Cliente: Pérez García, Juan - NIF 12345678X

Concepto: Sesión de fisioterapia - 60 min
Importe: 50 €
IVA: Exento (art. 20.Uno.3º LIVA)
Total: 50 €

Si vendes producto:

Concepto 1: Sesión fisioterapia 60 min - 50 € (Exento)
Concepto 2: Cincha terapéutica - 25 € + IVA 21% (5,25 €)

Subtotal exento: 50 €
Subtotal con IVA: 25 € (+ IVA 5,25 €)
Total: 80,25 €

Tu software debe gestionar esto sin que tú pienses en ello.

RGPD para fisio

Mismas obligaciones que cualquier sanitario:

• Consentimiento explícito al iniciar tratamiento.
• Acceso restringido a historias.
• Conservación 5+ años tras último contacto.
• Cifrado de datos sensibles.

Si usas SaaS cloud, tu proveedor debe ser RGPD compliant. Si usas on-premise, la responsabilidad es 100% tuya.

Errores frecuentes

”Cargo IVA del 21% en mis sesiones”

Si tu actividad es sanitaria con titulación oficial, las sesiones son exentas. Cargar IVA es ilegal y obliga a rectificar. Verifica con tu asesor el régimen exacto de tu actividad.

”No pido NIF a mis pacientes”

A particulares B2C no es obligatorio. Pero si tu paciente quiere factura ordinaria (para mutua o seguro privado), debe llevar su NIF. Tu sistema debe permitir convertir el ticket simplificado en factura ordinaria a posteriori.

”Llevo la agenda en papel y la facturación en otro sitio”

Es válido pero ineficiente: corres riesgo de duplicar pacientes, perder citas o emitir mal facturas. A partir de cierto volumen (40+ sesiones/mes), integrar agenda + facturación ahorra horas semanales.

Conclusión

Para fisioterapeuta autónomo en España, software genérico Verifactu con configuración correcta de IVA exento es suficiente. Para clínica con varios fisios, mutuas y gestión de pacientes integrada, software sectorial.

Verifica que tu software:

• Distingue facturas exentas (sanitario) de líneas con IVA.
• Cumple Verifactu en tu fecha.
• Cumple RGPD reforzado.
• Gestiona mutuas si las trabajas.

Si valoras datos en tu PC y quieres una solución on-premise sin suscripción mensual, nuestro paquete básico cubre las necesidades fiscales y de Verifactu. Cuéntanos si necesitas valoración para tu caso.